Pilot is de eerste aflevering van Prison Break. Deze aflevering werd op 16 maart 2006 uitgezonden in Nederland op RTL 5 en 10 september 2006 in België op 2BE (tijdstip van uitzenden noemde de zender nog 'kanaal 2'). Deze eerste aflevering lokte alleen al in de VS zo een 10.5 miljoen kijkers. Deze aflevering laat zien hoe Miguel Scofield in de gevangenis Fox River geraakt en zijn plannen voorbereid.
Verhaallijn[]
De tatoeages[]
Michael's lichaam met de tatoeages.
Wanneer de aflevering start zien we dat Michael Scofield zijn lichaam laat tatoeëren. Michael zit al een lange tijd bij de Tatoeeerster en de tatoe is juist klaar. Later in de aflevering wordt bekend gemaakt dat de tatoeages de blauwprinten van de gevangenis voorstelt. De Tatoeeerster vind het vreemd dat Michael vanaf het begin bijna zijn hele lichaam laat tatoeëren terwijl de meeste mannen met een kleine tatoeage beginnen.
Michael's appertement[]
De volgende scène is in Michael's appartement. Eerst zie je de origami-eend, deze eend zal tot en met de laatste aflevering van seizoen 4 nog regelmatig benut worden. Michael ruimt al de informatie die hij verzamelt heeft die van pas kunnen komen bij zijn ontsnapping op, trekt de harde schijf uit zijn computer en gooit die in de Chicage River vanuit het balkon van zijn appartement.
De bankoverval[]
Michael moet op een manier in de gevangenis geraken en pleegt hiervoor een slordige bankoverval. Wanneer de scène begint ligt iedereen op de grond en houd hij de bankbediende onder schot. Michael zegt dat ze de kluis moet openen maar de bediende kan dit zogezegd niet omdat de filiaalmanager niet aanwezig is. Hij vraagt waar hij is en krijgt als antwoord dat hij een snack gaan eten is. Michael laat zien dat hij dat niet gelooft en schiet daarom nog een paar keer in de lucht. Ondertussen is de zwaarbewapende politie gearriveerd. Michael geeft zich makkelijk over. Hij moet zijn wapens laten vallen en doet dit ook.
De rechtzaak[]
De volgende scène is in het gerechtsgebouw. De rechter vraagt Michael of hij wel zeker is dat hij de zaak niet wilt aanvechten. Dat wil hij niet. Zijn advocate neemt het dan over. Ze zegt dat Michael een beetje verward is waarop hij direct zegt dat hij dat niet is. Na nog wat aandringen zegt de rechter dat ze het vonnis om 1:30 zal uitspreken. Dan ziet hij LJ, Lincoln Junior, de zoon van Michael's broer Lincoln Burrows zitten. Michael zegt tegen hem dat hij niet wou dat hij naar de rechtzaak kwam.
Michael word nu even opgesloten voor zijn vonnis. De advocate vraagt aan de bewaker of hij hen eventjes alleen kan laten, dat mag. De advocate begint tegen Michael dat hij zicht te makkelijk verloren geeft. Ze zegt dat de advocaat hem zwaar zal straffen. De advocate kent Michael al lang en ze zegt dat ze hem zo niet kent. Dan zegt Michael dat zij hem absoluut niet moet helpen.
Het vonnis[]
In de volgende scène zit Michael opnieuw in de rechtszaal. Deze keer wordt zijn vonnis uitgesproken. De rechter zegt dat een voorwaardelijke straf overweegt omdat hij nog geen strafblad heeft maar komt van dat besluit terug omdat hij een dodelijk wapen heeft gebruikt. De rechter zegt dat hij daarom in de gevangenis moet. Michael heeft toch één verzoek ingediend: hij wil opgesloten worden in een gevangenis dicht bij zijn huis in Chicago. Met dat verzoek gaat ze akkoord. Michael moet in de niveau 1 faciliteit Fox River staatsgevangenis voor 5 jaar. Na de helft van zijn tijd komt hij in aanmerking voor voorwaardelijke vrijlating. Hij moet direct naar de gevangenis.